snapgene设计引物

1. PCR引物设计利器——Primer Premier

Primer Premier是一款由加拿大Premier公司开发的软件，专为PCR或测序引物以及杂交探针的设计、评估而设计。其主要界面包括序列编辑窗口（Genetank）、引物设计窗口（Primer Design）、酶切分析窗口（Restriction Sites）和Motif分析窗口。

让我们深入了解一下Primer Premier软件的主要功能。它可以进行引物设计，这是其最核心的功能。它还可以进行限制性内切酶位点分析、DNA基元（motif）查找和同源性分析。除此之外，该软件还具备一些独特的功能，如简并引物设计、序列"朗读"、DNA与蛋白序列的互换、语音提示键盘输入等。目前最常用的版本是Primer Primer5.0，而新版已经更新到6.24，功能更加强大且智能化。

在这里，我们推荐几个常用的引物设计网站：① Primer3/Primer3Plus，操作简单、使用广泛；② Primer-AST，这是NCBI的引物设计和特异性检验工具，可以在线设计聚合酶链反应（PCR）的特异性寡核苷酸引物，兼具Primer3和NCBI的Blast功能；③GeneFisher，主要用于简并引物的设计。

在引物设计时，我们需要注意以下几点：① 引物的长度一般为15-30bp，最好在18~24bp。太短或太长都会降低其特异性。② 引物在模板内应具有单一性，避免在3’端出现连续的碱基互补错配。③ 引物序列的GC含量应在40％一60％，且上下游引物的GC含量差异不宜过大。④ 引物所在的模板区域应位于外显子区，最好跨越一个内含子区。⑤ 如果以DNA为模板设计引物，产物长度在100—600bp较为理想。

2. 质粒图谱查询的好帮手——Vector NTI

Vector NTI Advance 11.5是目前整合度最高、使用最广泛的多功能桌面序列分析软件包，包含一系列数据分析和管理的工具。它可以进行质粒图谱的查看和编辑、序列比对等。和Primer Premier 5一样，它是很多分子生物学实验室的标配。

3. Snapgene——质粒图谱查询的新选择

Snapgene可以进行质粒图谱的直观展示、酶切位点的查找、基因片段属性的标记、引物位置的查看、开放阅读框所编码氨基酸的直观查看，还可以进行多序列比对、自动引物设计、支持Gibson Assembly等。虽然其正版软件价格较高，但其强大的功能使得许多实验室仍然选择使用。

利用Snapgene的模拟克隆功能，我们可以方便地建立克隆方案并进行模拟分析。通过选择重叠PCR引物，即可设计出融合后的质粒图谱。这对于实验室中的克隆实验具有极大的帮助。

4. 蛋白质相关分析工具的简介与使用

对于蛋白质序列的分析，我们可以利用多种工具进行检索和预测。例如，我们可以通过NCBI检索蛋白质序列，利用SRS系统从EM进行蛋白质序列的检索，以及基于NCBI/AST软件的蛋白序列同源性分析。这些工具的使用都非常方便，可以帮助我们了解蛋白质的功能和性质。

5. 数据分析利器——Origin

Origin是一款科学绘图、数据分析软件，操作简单、页面简洁，适合初学者使用。它支持各种各样的2D/3D图形，并且具有强大的数据分析功能，包括统计、信号处理、曲线拟合以及峰值分析等。它还支持多种格式的数据导入。Origin的专案档是封闭格式，并且只支持Windows操作系统，这是其较大的缺点。我们也可以考虑使用LabPlot和QtiPlot等免费及开源或自由软件来进行数据分析工作。